Nasce a Beirut da genitori ebrei stabilitisi in Palestina prima ancora della fondazione dello Stato d'Israele. Trasferitosi con la famiglia in Italia, resta per molti anni apolide fino a che, a metà degli anni Ottanta, ottiene la cittadinanza italiana. Giornalista, inizia a lavorare presso il quotidiano Lotta Continua (1976-1979), di cui diventa vicedirettore. Poi inizia la sua lunga collaborazione con il manifesto e con Radio Popolare. Dal 1983, entra nella redazione dell'Espresso e, in qualità di inviato, svolge numerose inchieste. Nel 1987 pubblica Operai (Feltrinelli).
Lerner ottiene grandissima notorietà con la conduzione di Profondo Nord e di Milano, Italia, su RaiTre, e di Pinocchio, su Rai Uno.
Successivamente ritorna alla carta stampata e, dal 1993 al 1996, è vicedirettore de La Stampa. Nel 2000 gli viene data la direzione del Tg1, ma le sue scelte editoriali non vengono condivise, perciò, dopo pochi mesi, si dimette. Nel 2001 passa a La7; negli ultimi anni, conduce la trasmissione di approfondimento L'infedele. Mantiene, tuttavia, la sua collaborazione con alcune importanti testate giornalistiche, tra cui spicca Il Fatto Quotidiano .
Tra le sue pubblicazioni, si ricordano: L' infedele. Una storia di ribelli e padroni (Feltrinelli, 2020) e Gaza. Odio e amore per Israele (Feltrinelli, 2024).